Oysa gerçekler, evrimcilerin senaryoları kadar basit değildir. Bu hikaye asıl soruların hiçbirine cevap vermemektedir. Bu soruları şu şekilde sıralamak mümkündür:
Çiçekli bitki türleri ve onlarla ilişkide olan böcekler, fosil kayıtlarında aniden ortaya çıkmaktadırlar. Evrim teorisine göre bu türlerin ortak bir atası, bu ilkel atadan, o canlı son şeklini alana kadar arada yaşamış olması gereken sayısız ara form olmalıdır. Bu kadar zengin fosil kayıtlarında neden bir tanesine bile rastlanmamaktadır?
Evrim teorisini savunanlar, bütün bitki ve böcek çeşitliliğini bir genelleme yaparak vermekte, sanki bütün bitkiler ve böcekler aynı özelliklerdeymiş gibi bir anlatım yapmaktadırlar. Halbuki her böcek ve her bitki kendi içinde, onu diğerlerinden ayıran özelliklere, farklı yapılara sahiptirler. Mesela arı, kelebek, karınca, yaprak biti, çekirge, hamamböceği, ateş böceği, danaburnu, pire gibi her biri son derece farklı özelliklere sahip böcekler ve tamamen farklı özelliklere sahip bitkilerin her biri evrim için ayrı bir cevapsız sorudur.Evrim teorisini savunanlar, daha bu canlıların hiçbirinin kökenini, bu canlılardaki kompleks yapıları, sosyal davranışları açıklayamamışken, bir oldu bittiye getirip, toptan bir senaryo hazırlama yoluna gitmişlerdir. Ancak evrimciler ilk önce sayısını bile tam olarak bilmediğimiz böceklerin ve bu böceklerin sahip olduğu her bir tasarımın kökenini açıklayabilmek zorundadırlar. Bunu yaparken de köhne ideolojilerin, hikayelerin veya tahminlerin değil, bilimsel verilerin ışığında hareket etmelidirler.
Evrim teorisini savunanlar, bir tür içindeki varyasyonları yeni bir tür olarak yorumlamaktadırlar. Evrim konusunda yapılan en büyük çarpıtmalardan biri budur. Bu iddiaya göre mutasyonlar veya çevre koşulları yeni türlerin ortaya çıkmasına sebep olmaktadır. Buna göre çiçekli bitkilerin ortaya çıkmasıyla, bu bitkilerin sunduğu uygun koşullar yeni türlerin ortaya çıkmasına sebep olmuştur. Bu iddia da kendi içinde çarpıtmalarla ve çelişkilerle doludur. Bu konuyu açıklamak için öncelikle "tür" kavramının ne anlama geldiğini bilmeliyiz. "Tür" dendiğinde insanların aklına çoğu zaman "at, deve, kurbağa, örümcek, yunus" gibi "canlı tipleri" gelir. Evrim teorisinin "türlerin kökeni" iddiası ise, insanlara bu canlı tiplerinin kökenini çağrıştırır. Oysa biyologlar tür kavramını biraz daha farklı tanımlarlar. Çağdaş biyolojiye göre bir canlı türü, kendi içinde çiftleşen ve çoğalabilen canlılardır. Bu tanım, günlük hayatta sanki tek bir "tür" gibi söz ettiğimiz canlı tiplerini çok daha fazla türlere ayırır. Örneğin arıların yaklaşık 40 bin türü tanımlanmıştır.Yani temel olarak bu 40 bin farklı arının hepsi de arı türü içinde ortaya çıkan değişik alt-türlerdir. Arı türüne ait genetik bilgi, bu tür içinde çeşitli değişimler yaşanmasına izin vermektedir ama hiçbir zaman bir arı, bir kelebek haline dönüşemez çünkü türler arasında aşılamaz sınırlar vardır. Biyolojide bu kural "genetik değişmezlik" (genetik homoestatis) olarak belirlenmiştir. Bu ilke, bir canlı türünü değiştirmek için yapılan tüm ıslah çabalarının belirli bir sınırda kaldığını, canlı türleri arasında aşılmaz duvarlar olduğunu ortaya koyar. Aynı tür içindeki değişimler ise varyasyon olarak adlandırılır. Aynı kural bitkiler için de geçerlidir. Nitekim yüzyıllardır süren ıslah çalışmalarında hiçbir zaman yeni bir bitki türü elde edilememiş, sadece o bitkinin genetik bilgisiyle oynanarak, çeşitli varyasyonlar ortaya çıkarılmıştır. Danimarkalı bilim adamı W. L. Johannsen bu konuyu şöyle özetler:
Aslında durum çok açık bir şekilde ortadadır. Bilinen böcek ve bitki aileleri, orijinal formlarıyla, aniden, üstün bir aklın ve sanatın eseri olarak yaratılmışlardır. Her tür kendi içinde bir gen havuzuna sahiptir. Bu hazır bilgi ve program çerçevesinde aynı tür içinde farklı görünüşlere sahip çok sayıda varyasyon ortaya çıkmıştır. Ancak hiçbir zaman bir hamamböceği bir arıya veya bir elma ağacı balkabağına dönüşmemiştir. Doğada bunu yapabilecek, yeni tipler tasarlayabilecek, bunlar için yeni organlar, sistemler, vücut planları oluşturacak bir doğal mekanizma yoktur. Her tip, kendi özgün yapısıyla yaratılmıştır ve Allah her tipi zengin bir varyasyon potansiyeli ile var ettiği için, her tip kendi içinde zengin ama sınırlı bir çeşitlenme ortaya çıkarmaktadır.
Böcekler ve bitkiler arasında ortaya çıkan ilişkileri açıklamak da evrim teorisi için bir sorun haline gelmiştir. Tamamen iki farklı tür ancak birarada var oldukları müddetçe yaşayabilmektedirler. Daha önceki bölümlerde de gördüğümüz gibi, bitkiler ve böcekler son derece farklı iki yapı olarak aniden ortaya çıkmışlardır. Ancak bazı türler arasında çok hassas dengelere bağlı ilişkiler vardır. Mesela arı gibi böcekler çiçekleri döller bunun karşılığında onlardan beslenirler, eutrop ve hemitrop adı verilen bu böcek türleri, tozlaşma işlemini gerçekleştirmek için özel yapılarla donatılmışlardır. Uzun ağız yapıları, polenleri tutan tüyleri vardır. Karıncalar akasya gibi bazı bitkileri zararlılara karşı korurlar karşılığında bitkiden özsu alırlar. Xanthopan morgani praedicta adlı kelebek türü, 28 cm uzunluğundaki hortumunu Madagaskar orkidesinin 28-30 cm derinliğindeki çiçeğinin içine doğru uzatarak döllenmeye yardımcı olur.
Bitkiler ve böcekleri arasında kurulan bu ilişkiler, akıllıca tasarlanmış sistemlerin bir sonucu olarak ortaya çıkmaktadırlar. Hiçbir bitki, arı adlı bir canlının bilgisine sahip değildir. Ayrıca belirli bir koku salgıladığında, arıların bunu algılayacak duyulara sahip olduğunu da bilemez. Ayrıca hangi kokuların arıları çektiğini de bilmeyen bitki, arıların kendisini yiyen parazitleri öldürebilecek güçte olduğunu da bilemez. Bu sistemlerin zaman içinde küçük değişimlerle, evrimin şuursuz mekanizmalarıyla da gelişme ihtimali yoktur. Parazitler, bitkinin, arının metabolizmasını inceleyip, uygun kimyasal bileşiği üretecek fabrikayı kurmasına izin vermeyecek ve bitki ilk anda ölecektir. Karşılıklı faydaya dayanan sistemler için bu geçerlidir. Sistem bir bütün halinde, karşılıklı dengeye dayalı olarak yaratılmadığı sürece bir işe yaramayacak ve yok olacaktır. Mesela 28 cm derinlikteki yumurtanın döllenmesi için, o çiçek ilk yaratıldığı günden itibaren, 28 cm. uzunluğunda hortumu olan bir böceğe ihtiyaç duymaktadır. Böceğin evrimleşmesini bekleyecek vakti yoktur. İkisi de aynı anda yaratılmadığı takdirde çiçek hemen yok olacaktır. Sayılan bütün mekanizmalar ve dengeler gibi, bu iki farklı türü de, planlı ve bilinçli olarak, sonsuz ilim sahibi Rabbimiz, üstün bir estetik, ahenk ve mükemmel bir tasarımla yaratmıştır.
Yeryüzünde hiçbir canlı ve iki kanadıyla uçan hiçbir kuş yoktur ki, sizin gibi ümmetler olmasın. Biz Kitap'ta hiçbir şeyi noksan bırakmadık, sonra onlar Rablerine toplanacaklardır. (En'am Suresi, 38)